金元之际医学文化领域学术活跃，百家争鸣，中医界出现了金元四大学派，回回医药文化此时也发展到鼎盛时期，涌现了与回回药物院有关的、集阿拉伯医药学与中国传统医学为一体，具有中国回回特色的医药大型综合性医著《回回药方》等专著。

元代一统天下，将国内民族分为四等，即蒙古人、色目人、汉人及南人。穆斯林则是色目人中的主要分子，他们往往与蒙古人享受同等待遇，无论在法律上或事实上都优于汉人，同时在元代“回回”一名开始代替“大食人”，被人们认为信仰伊斯兰教者的名称。如此则为阿